中國東南沿海的倭寇之亂，起自于元朝，在明朝實行海禁后，其禍害程度逐漸達到頂峰。
在元朝以前的中日兩國關系，自正式邦交以來，主體上基本是友好的。
中日兩國之間的正式邦交，應該起始于三國時期。魏景初二年（公元238年）六月，倭女王卑彌呼遣使來華，魏文帝曹丕很是高興，于是互贈禮物，并詔封其為“親魏倭王”，對兩位使者也都有封賞。日本其時頗依賴于中國，甚至國內有宗室紛爭，亦要來華找曹丕分辨曲直，求為仲裁：“倭女王卑彌呼與狗奴國男王卑彌弓呼素不和，遣倭載斯、烏越等詣郡說相攻擊狀。遣塞曹掾史張政等因赍詔書、黃幢，拜假難升米為檄告喻之”（《三國志》）。而日本近年更出土了曹丕所贈之五尺寶刀及銅鏡，器物上所銘年代與《三國志》無異，由此可知記載不虛。
到蒙古入主中原后，元世祖忽必烈聽信高麗人趙彝之言，于至元十一年（公元1274年）、至元十八年兩次遠征日本，結束了兩國自三國到唐、宋以來相對友好關系，開始了敵對狀態，進而東南沿海開始出現倭寇。
為了對付倭寇，元朝先于大德七年（公元1303年）取消了市舶機構，并“禁商下海”，在至大元年（公元1308年）又重新恢復，至大四年再度取消。而日本政府也因為恐懼元軍的再度入侵，因此加強海防，不曾與中國來往。
到了元末明初，由于陳友諒、張士誠、方國珍等人所部多有水師，而他們在被朱元璋消滅后，部下頗有逃至海上在兩國間以走私和海外貿易為生的，甚至后來的明建文帝，也有說是去了南洋，而鄭和下西洋的原因，就有人認為是去尋找建文帝，并試圖將其消滅以絕后患的。
于是朱元璋在消滅南方敵對勢力準備北上滅元前，很擔心南方敵對殘余勢力勾結倭人入侵沿海，因此于洪武元年（公元1368年）、二年、三年、五年數次遣使去日本交好，但日本這時正好處于南北朝交戰時期，道路為南朝所斷，朱明交好的意圖未成，因此開始實施海禁政策。到后來日本南朝為北朝所并吞，有相當部分武士成為了為浪人，部分浪人則淪為了海盜，前來騷擾中國沿海。但因為此刻明軍戰斗力強盛，水師也堪稱一流，外加日本也是戰后百廢待興，所以倭寇屬于零散現象，沒有形成氣候，為禍不算太大。
只是倭寇的出現，卻使得明政府采取了一項重大的錯誤政策，也就是開始全面地絕對禁止民間海上貿易的海禁政策。
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