元代實行的是民族歧視和民族壓迫政策。元世祖至元時，把居住在當時中國境內的人分為四等：第一等是蒙古人，包括原來蒙古各部的人：第二等是色目人，包括西夏、回回、西域以至留居中國的一部分歐洲人；第三等是漢人，包括契丹、女真和原來金統治下的漢人；第四等是南人，指南宋統治下的漢人和西南各民族人民。元統治者把色目人列為第二等，是因為要提高回回上層分子的地位，使他們成為蒙古貴族統治的助手。把漢族分為漢人和南人，則是為了要分化漢族人民，削弱他們的反抗力。 元朝政府采取各種方法來固定這些民族的等級。
在統治機構中：長官和掌權的官吏都是蒙古人或色目人，其次才是漢人，而南人在宋亡后的一個長時期內，幾乎很少人在中央作官。地方的官吏達魯花赤一般也由蒙古人擔任，并規定色目人作同知，漢人作總管，同知、總管彼此互相牽制，都要服從達魯花赤的指揮。在軍隊組織上：有蒙古軍、探馬赤軍、漢軍和新附軍的區別。出兵時各軍參差調用，而以蒙古軍為主力，軍權都掌握在蒙古軍帥的手中。在刑法上：規定蒙古人、色目人和漢人分屬不同的機關審理，蒙古人毆打漢人，漢人不得還手，蒙古人打死漢人只流放北邊充軍。又規定漢人、南人不得聚眾敗獵和迎神賽會，不得執弓矢，甚至連養狗養鵲鳥都不許可。在征斂方面：如括馬，蒙古人不取，色目人取三分之一，漢人、南人則全取。此外，在《元典章》中紀錄的很多法令，都是針對漢人、南人制定的，并且指出蒙古人不受這些法令的約束。
但是這種民族歧視的政策對于某些投靠蒙古統治者的漢族大地主是不適用的。元朝的法令禁止漢人執弓矢，元世祖卻對漢宮汪惟和說：“汝家不與它漢人比，弓矢不汝禁也，任汝執之”。有些很早就投靠蒙古統治者的漢族地主，如大興史氏、易州張氏、真定董氏等，在元朝的地位和待遇都與蒙古貴族相差無幾。相反的，許多蒙古族的下層人民也沒有享受到所謂統治民族的特權。草原上的蒙古牧民，在繁重的軍役和租賦剝削之下日趨貧困，甚至破產流亡。到了元朝中葉，常有大批蒙古族貧民流到大部、通州、漷州等地，有的被賣到漢、回之家作奴婢。
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