1368年，元朝被以紅巾軍起義為主的農民起義成功推翻。元順帝妥歡貼睦爾又稱元惠帝，明朝謚號為順帝，明太祖認為他順天應人，給他上一個「順帝」的謚號，意思是妥歡貼睦爾在國破家亡之前夕，能夠“識時務”，放棄背城一戰，而決定逃回漠北，是為“順天命”，所以特意加號“順帝”，歷史上習慣稱其為元順帝。但蒙古人不接受。 此后北元傳了5代才亡國。
至順元年（1330年）明宗皇后被殺，他被驅逐，首先被驅逐到高麗，后來到靜江（廣西桂林）。至順三年（1332年）十一月，元寧宗逝世，太皇太后卜答失里下令立妥歡貼睦爾為皇帝，受到左丞相欽察人燕鐵木兒反對，因此一直到至順四年(1333)六月，妥歡貼睦爾即位于上都。燕鐵木兒的兒子唐其勢的叛亂一直到元統三年（1335年）才得以平定。即位后任命有擁戴之功的伯顏為中書右丞相。伯顏把持著朝政，甚至一度不把元順帝放在眼里，獨秉國政，專權自恣，排斥儒生，廢除科舉制。為了加強統治，他下令嚴禁漢人、南人私造私藏兵器、不允許漢人學蒙古語和喂養馬匹，階級矛盾和民族矛盾進一步加劇。后至元六年(1340)，元順帝支持脫脫逐走伯顏，起用脫脫為中書右丞相，復科舉取士，開馬禁，減鹽額，由脫脫（后改由阿魯圖）主持修遼、金、宋三史，頒《至正條格》，史稱脫脫更化。
至正四年（1344年）黃河泛濫，國庫空虛。他被迫于十年改變鈔法，十一年（1351年）用賈魯修治黃河。鈔法變更，導致物價上漲；修河時緊工迫，官吏乘機對百姓敲詐勒索，社會矛盾更加激化，終于爆發了元末農民大起義（紅巾軍起義）。雖然1362年元軍獲得很大戰果，但由于起義軍的勢力已經很大，朝廷內部又發生皇帝和皇太子（即后來即位的元昭宗）兩派之間的明爭暗斗，因此元順帝無法有效地控制政局，而在外的各行省的將領有時也各行其是，不聽中央統一指揮。這一切給朱元璋提供了鞏固其地位的機會。二十三年后，朱元璋勢力壯大，漸次統一南方，元王朝已無力對抗。順帝聽信讒言，貶脫脫，于是國家大權盡歸哈麻、雪雪兄弟。十六年，哈麻、雪雪謀廢順帝，事敗被殺。其后，宮廷內分為兩派，一派擁護皇帝，一派支持太子。兩派矛盾尖銳化，順帝的號令已失去作用。
至正二十八年（1368年）朱元璋建立明朝，統一南方，責令北伐，徐達率領的軍隊逼近大都，元順帝夜半開大都的建德門北奔，首先逃往上都，后逃往應昌。元順帝北走至應昌（今內蒙古克什克騰旗達里諾爾西南），心情十分不好。他是元朝皇帝中接觸中原文化最深的一個，難免產生“去國懷鄉”的悲嘆。雖然他一心想回中原，但此時明軍兵鋒正健，他始終不能如愿。回到北方草原兩年后，洪武三年（1370年）四月，元順帝妥歡貼睦爾因患痢疾，病死在應昌，廟號為惠宗，終究沒有實現他再回到中原的夙愿。
元順帝死后一個月，明軍追兵來到，圍應昌城，一日而下。元順帝的后妃、皇孫、諸王、官吏全部被明軍俘虜，只有元順帝太子愛猷識理達臘率十余騎逃脫。
北元勢力退出中原后，蒙古貴族追憶中原的繁華與富庶，“猶有覬覦之志”，一心想要重新入主中原，不斷組織力量反攻。而明太祖朱元璋為了鞏固自己的統治，對蒙古采取了征討和招撫并用的策略。其結果，雙方都沒有能夠如愿以償，從而形成了明朝與北元南北對峙的局面。
順帝前期為權臣伯顏所控制，對伯顏的倒行逆施不發一言。但是伯顏死后，順帝并未改弦易張。怠于政事，荒于游宴，學“行房中運氣之術”，有匠材，能制金人玉女自動報時器。又造宮漏，“其精巧絕出，人謂前代所罕有”。如果說崇禎是太“有為”而導致亡國的話，順帝就是太“無為”了。而且他的這種“無為”簡直就是麻木不仁。以至于當明軍剛剛攻克通州就嚇得逃出大都，回蒙古去了。
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