戰(zhàn)斗的接連失敗，朝鮮政府不得不于九月再次起用李舜臣。但此時(shí)，李舜臣辛辛苦苦建立起來的朝鮮水軍，已經(jīng)只剩下殘余戰(zhàn)艦十二只……李舜臣整頓殘存的水軍，一邊繼續(xù)與日軍作戰(zhàn)，一邊擴(kuò)大水軍，并不斷地以少勝多，擊敗日本水軍。
九月十六日，李舜臣在鳴梁海峽擊敗了十倍于己的日海軍來島通總部，擊沉日軍指揮艦及其他三十一只戰(zhàn)艦，并擊斃日軍主將來島通總。
中朝聯(lián)軍取得在稷山和鳴梁海峽的勝利后，日軍的攻勢受阻，中朝聯(lián)軍轉(zhuǎn)入戰(zhàn)略反攻階段。十一月，中朝聯(lián)軍分三路四萬余人向南推進(jìn)。日軍連忙后撤，分別以加藤清正守蔚山、小西行長守順天、島津義弘守泗川。
十二月二十二日，明軍攻打蔚山。加藤清正支持不住，向明軍乞和，被拒絕。但后來日軍援軍來到，明軍屢攻不下，被迫撤退。蔚山戰(zhàn)役后，中朝聯(lián)軍繼續(xù)積極組織進(jìn)攻，而日軍處在被動(dòng)防守的局面。
萬歷二十六年（日本慶長3年，公元1598年）八月十八日，豐臣秀吉因朝鮮戰(zhàn)場的失利憂郁而死，享年63歲。
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