李如松回到了開城后，又聽謠傳加藤清正進攻平壤，剛剛遭受碧蹄館戰役之敗的李如松便撤回了平壤。事后，李如松也后悔后撤太操之過急，應當立即率軍再戰。
在明軍入朝不到兩個月，便收復平壤到開城失地五百余里，同時也由于朝鮮水軍切斷了日軍補給線，日軍的處境越來越困難。小西行長與明使沈惟敬再次議和。
四月十八日，日軍撤出京城，五月二日，日軍大部分退到了釜山一帶，加藤清正也交還了所俘虜的朝鮮二王子。李如松于十九日進入京城，五月十五日至慶州。至此，除全羅和慶尚二道部分沿海地區為日軍所占領外，其余各地全部收復。明軍留下一萬人駐守朝鮮，其余大部于七月底回國。文祿之役結束。
慶長之役
萬歷二十四年（日本慶長元年，公元1596年），明日和談破裂，豐臣秀吉準備發動第二次侵朝戰爭。由于李舜臣率領的朝鮮海軍對日軍是個嚴重威脅，豐臣秀吉使反間計，讓小西行長在京城散布謠言，結果李舜臣被革職。
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