胡宗憲對這樣的局面始料不及，頓時陷入了困境，在丟烏紗帽乃至殺頭的壓力下，他最后和以前那些為了本身利益默許汪直互市的官員一樣，終于“易詞以聞”，同時展開了對汪直所部毛海峰等人的進攻。
于是，“直論死，碧川、清溪戍邊”，汪直最后在系獄近二年后被殺。
汪直的養子毛海峰在聞其下獄后，一方面覺得因為自己輕信胡宗憲導致汪直被捕而大慚，一方面又為遭受欺騙而大怒，于是與謝和兩人將人質夏正殺害分尸，并在舟山岑港和明軍開戰，但因力量懸殊而最后敗退出海。
于失去了汪直這個領頭人而受到了慘重打擊，汪直所部自此慢慢衰落，最后徹底退出了歷史舞臺。
嘉靖三十八年（公元1559年）十二月二十五日，“詔斬王直于杭城官巷口”。在臨刑前，汪直要求與兒子見面，并把束發金簪交與其子，而后相擁而泣，繼而伸頸受死。在他死后，他的妻、子被“沒入成國公家，至今子孫尚在不絕。”
他在臨刑前唯一的公開遺言，則是長嘆道：“吾何罪，吾何罪，死吾一人，恐苦兩浙百姓！”
果然，他這臨刑前的預言，在他死后很快得到了應驗。
倭寇的活動并沒有如明政府一些官吏們所想象的那樣，因為汪直這個“倭寇”頭目的被殺被消弭下去，而是在汪直死后慢慢地達到了高峰，漸漸地頻繁出現數萬人的大規模入寇。 并且活動范圍大大增加，從江蘇、浙江蔓延到福建、廣東，大約在嘉靖四十年前后最為猖獗規模也最大，一直到隆慶年間才漸漸被蕩平。
以汪直為首的海商集團，是一直在要求“通商互市”的事實的，而實際上也正是在汪直死后，倭寇和海盜才開始真正達到了活動高峰。
究其變化的原因，不外是因為海商代表人物汪直的死，讓中、外海商們認識到，互市和通商只是一個夢想，是絕無可能實現的，于是他們這些人的出路沒有了，無論他們怎么樣，他們都永遠只能是“寇”，所以就此真正地淪為了海盜。他們和汪直的不同的地方，在于他們很少有人和汪直一樣有明確的政治目標，汪直始終在尋求著合法“通商互市”的可能，哪怕動用武力也在所不惜，并且在最后以自己生命做了一次徹底的賭博。
不過，在“片板不許入海”的閉關鎖國政策前，汪直輸得血本無歸。
汪直死后的第七年，也就是嘉靖四十五年（公元1566年），漳州知府唐九德在月港設縣治的提議，得到了明中央政府的批準，并于隆慶元年（公元1567年）在月港設海澄縣。同年，福建巡撫都御史涂澤民議開禁例，準民間通海貿易，但拒絕與日本貿易，也終于得到批準。
于是自此開始一直到明朝滅亡，海澄的月港都是中國唯一合法的出海通商進行海外貿易港口。而江南也一直是明朝最富庶的地方，并且少有大規模的叛亂，“市通則寇轉為商，市禁則商轉為寇”，“非復市舶，無以塞日后之亂源”，這些當時支持開放海禁的人說過的話，最后通過事實得到了檢驗，并被證實是正確的。
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