嘉靖二十七年（公元1548年），浙江巡撫朱紈以“不革渡船則海道不可清，不嚴保甲則海防不可復”，又因為許氏集團與當地政府發生了武裝沖突，開始對雙嶼發起攻擊。明軍“破其巢穴，焚其舟艦，擒殺殆半”，許氏集團部分頭目以及和他們進行貿易的坐商大窩主顧良玉、祝良貴、劉奇十四等，皆就擒，后來又在海上“俘日本國人稽天，許棟亦就擒”自此許氏集團被消滅，而汪直集團則開始興起。
汪直在接手了許棟殘余勢力后，將貿易基地轉移到了定海的烈港，也就是烈表山。
此前汪直并不是一個真正的首領，即使他自己做航海貿易的時候，也是和人合伙的，一直到此刻，他才真正成為了一個首領。
他和一般的海商不一樣，雖然他也有一樣擁有武裝力量，但是他卻一直在與明政府接觸談判乃至合作，試圖說服明政府開放海禁，從而取得合法進行海外貿易的身份，而不是一味地和明政府進行敵對行動。
嘉靖二十九年（公元1550年），一股海盜盧七集團搶劫戰船，攻擊杭州江頭西興壩堰，劫掠婦女、財貨。浙江的海道副使丁湛以“拿賊投獻始容互市”為條件，要汪直前去剿滅盧七集團。結果雙方一戰下來，汪直繳獲船只十三艘，消滅千余人，俘虜七人，并將他們解送至定海衛交由明軍處理，還解救出被擄去的婦女兩名。
嘉靖三十年（公元1551年），另一大海商陳思盼，將帶船二十艘前來加盟他的海商王丹殺死，吞并了其船隊。其時陳思盼集團勢力相當大，當地明軍不能與其相抗，而且連汪直這樣比較大勢力的海商也一樣經常被其搶劫，更不用說其他小海商了。于是海道副使李文進命寧波府通判唐時雍、把總張四維前去和汪直商議，希望能合力消滅陳思盼這一實際已經是海盜的海商集團。汪直遂與原來屬于王丹的陳部取得聯系，以海道官兵、寧波慈溪縣柴美德家丁數百人為外援，里應外合發動攻擊，燒毀大船七艘，小船二十艘，俘虜一百六十四人，解救被擄婦女十二名，全部押解至海道副使丁湛處。而陳思盼部下外出船隊在回來后，則全部投靠了汪直。
至此， 汪直已經成為亞洲地區最大的從事航海貿易的海商集團， 汪直再次向朝廷提出了要求開放海禁允許互市的要求。
而這個時候，大約萬余名福建漳、泉海盜聯合倭寇又進犯舟山群島。當時東南沿海的海盜大多為福建人，其他地方人氏頗少從此業者，其中又以漳、泉人為多，明海道副使李文進聞訊，遂又一次派出了汪直的老熟人，以前和他合作愉快的明軍把總張四維，要求再次聯合行動剿滅倭寇，雙方一拍即合，最后擊破一股倭寇，俘獲倭寇海船兩艘，但是倭寇多處登陸，其他地方被荼毒的不少。
通過類似的一系列和明政府合作的大規模打擊海盜、倭寇的行動，汪直終于得以實現了他的愿望——他的互市要求。汪直船隊的互市開始為沿海的部分明政府地方官員所默許。于是在舟山定海關，他開始公開主持互市貿易，在這樣一個雙贏局面下，一時間只要江浙海面上的商船掛著汪直的五峰旗號，便可往來自如，即無遭劫之憂，也無被官府捉拿之虞。
然而好景不長，汪直取得的并非是明中央政府的允許，而只是部分地方官員們為了自身利益而默許他進行互市，因此在明中央政府以及另外一些反對開放海禁的官員們眼里，這依然是違禁的、可以殺頭的嚴重犯罪行為。
所以當一直在北方防備蒙古入侵，和汪直毫無關系的山東巡撫王忬轉為巡視浙江及福、興、漳、泉四府提督軍務后，就立刻調來了抗倭名將俞大猷等人，命令他們率軍前去突擊汪直，相持一段時間后，在一代名將俞大猷的打擊下，汪直損失慘重，最后突圍而去。
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